Capucine ist ein Adventure (oder Exploration Game, wie es die Entwickler nennen), dessen Geschichte einer Fabel in einer Fantasiewelt gleicht: Die umgebende Flora im Spiel ist größtenteils tot, denn die Schattenseite hat die Macht über die Welt. Nur ein kleines Mädchen, das eine ganz besondere Pflanze – die Kapuzinerkresse (franz.: Capucine) – kontrolliert, kann Licht in die Welt bringen und Totes in Lebendiges verwandeln.

Mittels eines Lichtstrahls aus seiner Hand gibt das Mädchen eigene Lebenskraft an die Umwelt weiter. Damit es nicht durch vorzeitiges Ableben seinen Platz im Dunkel der Schattenwelt einnehmen muss, kann es Lebenskraft aus dem Wasser schöpfen. Auf seiner Mission muss es sich dunkler Schatten erwehren, um der Welt am Ziel seines Abenteuers neues Leben einzuhauchen. Spielerisch läuft sehr viel über das lebenserweckende Licht aus der Hand des kleinen Mädchens. So werden beispielsweise Seerosenblätter dank des Lichtstrahls bewegt und so angeordnet, dass ein Fluss überquert werden kann. Oder es werden tote, umgefallene Bäume, die Euch den Weg versperren, mithilfe des Lichts zum Leben erweckt. Der anschließend in sattem Grün erstrahlende Baum richtet sich wieder zu voller Lebensgröße auf und gibt so den Weg frei.