Nach der Eingabe des Passworts bestätigen wir dies mit "OK" und der Container steht unter dem ausgewählten Laufwerksbuchstaben, in unserem Beispiel der Laufwerksbuchstabe "T", zur Verfügung. Nun können wir mit dem Container wie mit einem gewöhnlichen Laufwerk arbeiten. Dateien können wie gewohnt mit dem Windows Explorer kopiert oder verschoben werden. Auch das direkte Öffnen von im Container enthaltenen Dateien ist möglich. Die Ver- und Entschlüsselung erfolgt unbemerkt im Hintergrund. Je nach Charakteristika des verwendeten Speichergeräts, auf dem unser Container gespeichert wurde, und dem oder den verwendeten Verschlüsselungsalgorithmen kann die Schreib- und Lesegeschwindigkeit variieren.

Wichtig im Zusammenhang mit TrueCrypt Containern ist der Dateiheader des Containers. Wird dieser einmal durch einen Hardwarefehler beschädigt, so kann der Container nicht mehr in das Dateisystem eingebunden werden und alle Daten innerhalb des Containers sind unwiederbringlich verloren! Daher sollten regelmäßig Sicherungen des Containers gefertigt werden, oder, wenn dies nicht möglich ist, zumindest der Datei-Header (die ersten 1024 Byte) des Containers gesichert werden. Um dies zu bewerkstelligen greift man auf die Funktion "Volume-Header sichern" im Menü "Extras" zurück. Zu beachten ist hierbei, dass der gesicherte Header nur für die Wiederherstellung des jeweiligen Containers verwendet werden kann. Wird diese Header-Datei auf einen anderen Container angewandt, lässt sich dieser Container zwar in das Dateisystem einbinden, eine Entschlüsselung der darin enthaltenen Daten ist jedoch nicht möglich, da in der Header-Datei auch die zur Entschlüsselung notwendigen Daten verändert wurden. Ein Wiederherstellen des Datei-Headers erfolgt über den Menüpunkt "Extras" -> "Volume-Header wiederherstellen".

Weitere sicherheitsrelevante Tips im Umgang mit TrueCrypt geben die Entwickler auf ihrer Website; diese können unter http://www.truecrypt.org/docs/security-precautions.php nachgelesen werden.

Weiterhin soll noch die Funktion "Traveller Disk erstellen" im Menüpunkt "Extras" Erwähnung finden. In unserem Beispiel haben wir einen 230 MB großen Container erstellt, den wir auf einen mindestens 256 MB großen USB-Stick kopieren können. Um nun auch von unterwegs, zum Beispiel in einem Internet-Café, Zugriff auf unsere Dateien zu bekommen, erstellen wir mit dem Assistenten eine Traveller Disk. Hierbei kopiert der Assistent die zum Betrieb von TrueCrypt benötigten Dateien auf unseren USB-Stick und legt eine Autorun.inf-Datei an, die von uns im Assistenten definierte Aktionen wie den automatischen Start von TrueCrypt nach dem Anschließen des USB-Sticks ausführt.