Wie bereits eingangs erwähnt lässt sich eine Synchronisation von Dateien vom Anwender auch manuell ausführen. Bei größeren Datenmengen ist diese Vorgehensweise allerdings nicht sehr effektiv und sehr zeitaufwändig. Abgesehen davon können gegenüber einem durch ein Programm unterstützen automatischen Abgleich vermehrt Fehler auftreten, was unweigerlich mit dem Verlust von wichtigen Dateien einhergehen kann. Daher ist von einer manuellen Synchronisation von Dateien eher abzuraten.

Bei einem manuellen Abgleich von Daten haben Anwender die Möglichkeit, neuere Versionen einer Datei anhand der Dateigröße, dem Datum der letzten Änderung oder anhand des letzten Dateizugriffs zu unterscheiden, wobei letztere Möglichkeit nicht sehr zuverlässig ist. Denn ein Öffnen einer Datei kann auch erfolgen, ohne dass das Dokument anschließend geändert wird. Anhand dieses Kriteriums müsste diese Datei allerdings synchronisiert werden, da das Datum des Zugriffs nicht mit dem Datum der Datei auf dem Gerät übereinstimmt, mit dem synchronisiert werden soll.

Diese Art der Bestimmung von Dateien, die mit anderen Geräten synchronisiert werden sollen, kann dazu führen, dass unnötigerweise Daten übertragen werden und der Synchronisationsvorgang länger dauert als eigentlich nötig. Programme verwenden hier eine Technik die es erlaubt, inhaltlich gleiche Dateien mit unterschiedlichem Zeitstempel von der Synchronisation auszuschließen. Hierzu wird von den Programmen bei der ersten Synchronisation für alle Dateien ein sogenannter Hash-Wert erzeugt. Dieser Hash-Wert ist wie der menschliche Fingerabdruck nahezu eindeutig und ist abhängig vom Inhalt einer Datei. Das Erstellungsdatum oder der letzte Zugriff auf eine Datei haben keinen Einfluss auf einen Hash-Wert, daher ist dieser verlässlicher bei der Inhaltsbestimmung als ein Vergleich der Daten des letzten Zugriffs.

Hash-Werte werden auch verwendet, um die Integrität von Dateien zu verifizieren, die aus dem Internet heruntergeladen werden. Anbieter von Dateien geben hierzu auf ihrer Webseite den Hash-Wert einer Datei an, meist eine MD5-Summe, die nach dem Download mit der MD5-Summe der Datei auf dem lokalen Computer übereinstimmen muss und vom Anwender mittels des Programms md5sum überprüft werden kann. Ist dies nicht der Fall kann hierfür ein Übertragungsfehler beim Download verantwortlich sein, oder die Datei auf dem Webserver entspricht nicht der vom Anbieter vorgesehenen Version. Unter Linux-Systemen ist das Programm md5sum im Regelfall Teil der Standardinstallation. Nutzer von Windows müssen das kleine Programm "File Checksum Integrity Verifier" von der Microsoft Webseite herunterladen oder greifen auf das Windows-Pendant von md5sum zurück.