Booten von S-ATA Festplatte geht nicht mehr

Hallo zusammen,
also ich habe folgendes Problem:
Ich habe mir zu Weihnachten eine neue HDD geleistet.
Nun habe ich WinXP darauf ganz neu aufgesetzt. Bei der Installation habe ich nur die S-ATA Treiber des Controllers, an dem die Festplatte hängt installiert, so dass während der Installation Windows auch nur diese Platte erkannte.
Nun ja. Nach der Installation richtete ich im neuen Windows alles ein. Funktionierte auch alles einwandfrei.
Von diesem Windows aus, habe ich dann die zwei anderen (alten) Festplatten, neu partitioniert und formatiert (diese sind auch S-ATA, hängen aber an einem anderen Controller).
Nach einem Neustart ließ sich das System nun nicht mehr booten.
Mein Bios steuert je nachdem was im besser gefällt anscheinend die alten Platten an. So kommt zum Beispiel beim Bootvorgang "GRUB" (auf der einen Platte war ein Linux installiert). Mehr aber nicht, da ja kein Betriebssystem mehr drauf ist. Der Bootvorgang bleibt hier natürlich stehen.
Anderenfalls will er wohl von der anderen alten Platte booten. Hier kommt "Kein Betriebssystem gefunden" (wohlgemerkt: eine deutsche Fehlermeldung.) o.ä. Ich nehme an, dass das eine Fehlermeldung vom alten WindowsXP Bootsektor ist.
Theoretisch unterstützt mein Mainboard nun eine Einstellungsmöglichkeit, wo sich die Bootpriorität der Platten an den S-ATA Controllern einstellen lässt (Mainboard: Gigabyte 8KNXP). Dies scheint jedoch nicht richtig zu funktionieren. Stelle ich dort die neue Platte ein, will er trotzdem von der alten booten. Früher hat er aber von der neuen schon gebootet.
Die neue Platte lässt sich nur noch mit einem Trick booten. Stellt man im Bios booten von CD ein, dann kommt bei eingelegter WinXP CD "Zum booten von CD eine Taste drücken". Drückt man keine Taste, bootet das neue Windows einwandfrei.
Meine Vermutung war, dass vielleicht doch was mit dem Bootsektor a.ä. nicht stimmt. Bin deswegen auch schon in die Wiederherstellungskonsole gegangen und habe fixboot ausgeführt.
Dies brachte allerdings keine Besserung.
Weiß irgendjemand Rat? Kennt vielleicht jemand ein Tool mit dem man die Bootsektoren überprüfen kann und gegebenenfalls reparieren?
Ich bin für jede Hilfe dankbar.