Welches Dateisystem

ext kannst Du zwar am besten tunen, ich wuerde aber nach Moeglichkeit das FS nehmen, dessen OS Du am meisten nutzt. Sowohl die NTFS-Treiber fuer Linux als auch die ext2/3-Treiber fuer Windows haben noch ein paar Macken. Am wenigsten Probleme hat man wohl, wenn man die anderen in ihr jeweils natives OS einbindet, welches wiederum virtualisiert ist, und dann die Partitionen ueber das virtuelle Netzwerk freigibt.

NTFS reserviert zwar eine Menge 12,5% fuer die MFT, braucht diese Groesse aber nur wenn Du die Partition hauptsaechlich mit kleinen Dateien fuellst. Ansonsten werden natuerlich auch bereiche innherlab der MFT bei Bedarf Dateien zugewiesen. Dir geht also keinerlei Speicherplatz "verloren".

HFS(+) hat wohl die geringste Interoerabilitaet, also wenn die Platten nicht hauptsaechloch mit dem Mac genutzt werden sollen, ist eines der anderen beiden FS besser.

Vermutlich wird Windows den fuer die MFT reserved space fuer die Fragmentierung nicht oder nur tlw. nutzen. Um solch volle Platten noch zu defragmentieren brauchst Du etwas wie O&O Defrag.

Aber eigentlich ist es nur bei fuer Backups o.ae. genutzten Platten sinnvoll, diese so voll zu schaufeln. Jedes aktiv genutzte FS wird in diesem vollen Zustand extrem fragmentieren (cluster allocation etc. link) und damit auch extrem langsam werden.
Meine Empfehlung darum: so partitionieren, dass die vollen Partitonen hauptsaechlich lesend genutzt werden. Und alle anderen Partitionen nicht ueber 80% fuellen. (Wenn NTFS-links aehnlich gut funktionieren wuerden, wie die unter Un*x-FSs koennte man cache folder u.ae. auf eine extra Partition legen, aber das mit den links wird wohl nicht so bald passieren, wenn ueberhaupt.)