Bootmgr is missing, kein booten nach Umstellung auf AHCI

Hallo Leute,
jetzt mache ich schon 2 Tage an einem Problem rum und bin mit meinem Latein am Ende.
Folgendes:
Shuttle XPC Glamor mit Vista Ultimate. Festplatte und DVD als SATA. Alles läuft wunderbar.
Kauf mir eine 1000 GB Seagate FreeAgent Xtreme mit SATA Kabel um darauf ein Backup zu machen.
Und schon fangen die Probleme an.
Schließe die externe Seagate über eSATA an den Shuttle an. Wird aber nicht erkannt. Nur USB geht.
Rufe Seagate Support und Shuttle Support an.
Aussage: Man muss BIOS auf AHCI stellen und den Intel Matrix Manager installieren.
OK denke ich, stelle das BIOS von bei den SATA Einstellungen von IDE auf AHCI.
Nun geht nichts mehr. Weder ein booten von Festplatte noch von der original Vista DVD.
Es kommt laufend die Meldung
BOOTMGR is missing
Wenn ich wieder auf IDE zurückstelle dann bootet auch wieder die DVD und die Festplatte.
Aber dann geht die externe SATA Platte nicht.
Also irgendwie drehe ich mich im Kreis

Was tun?
Wie macht ihr das mit externen SATA HDs?

Gruss und danke
hawk

starte den pc, installier die ahci treiber für das mainboard und den intelmanager, anschliessend erst im BIOS auf ahci umstellen, das sollte klappen.