Es gibt bei manchen Festplatten einen 32GB Jumper. Damit beschränkt man die Kapazität auf 32GB um ein weiteres Kompatibilitäsding zu überbrücken. Ist aber glaub' ich sehr selten geworden der Jumper. Bei neueren Festplatten wird dies über die Herstellersoftware des jeweiligen Herstellers erledigt.
Apropos: Herstellersoftware. Damit könntest Du Dir die Festplatte ebenfalls mal anzeigen lassen. Ob sie wenigstens dort mit voller Kapazität erkannt wird. Es gibt zwei Mechanismen die Kapazität per Software zu ändern. Die eine ist Herstellerspezifisch - die andere heißt HPA (Host Protected Area). Hier die Toolsübersicht:
http://www.hardwareluxx.de/communi [...] p?t=501943
Als drittes würde ich mir nochmal die Verkabelung anschauen. D.h. die Festplatte wenn möglich alleine am IDE (U-DMA) Bus. Und dann nicht als Slave, sondern als Master. Ich habe schon den Fall gehabt, dass der Festplattencontroller nicht mehr nach Slave gesucht hat, wenn er bei Master nichts findet.
Last but not least würde ich mit F2 beim Booten ins BIOS gehen und schauen wie dort die Festplatte erkannt wird. Möglicherweise ist dort etwas falsch eingestellt.