Ab Windows 95 kam zu FAT16 ein abgewandeltes Dateisystem ins Spiel, V-FAT. Dieses war erstmals in der Lage, lange Dateinamen zu schreiben. Mit Windows 95b veröffentlichte Microsoft im Jahr 1996 das Filesystem FAT32, das noch immer sehr weit verbreitet ist. Windows-Anwender sind damit in der Lage, 8-GByte-Volumes bei nur 4 kByte Clustergröße zu verwalten. Für Festplatten bis maximal 32 GByte beträgt die Clustergröße 16 kByte. Mit FAT32 ist auch die Zahl der Verzeichnisse und Files im Stammverzeichnis nicht mehr limitiert.

Trotz aller Nachteile sterben FAT16 und FAT32 nicht aus. Noch immer benötigt werden diese Dateisysteme bei Multi-OS-Systemen. Wer über Windows XP, Windows 98, Linux und DOS auf die gleichen Volumes zugreifen will, muss sich an das Gesetz des kleinsten gemeinsamen Nenners halten. Erforderlich ist dann eine FAT, die alle Systeme lesen und schreiben können, in diesem Fall das Dateisystem FAT 16.

Allerdings bezahlen XP-Anwender diesen Luxus in jeder Hinsicht teuer: Selbst mit FAT32 kann XP nur maximal 32 GByte große Partitionen formatieren. Größere Volumes lassen sich nur dann bearbeiten, wenn diese von anderen Systemen erstellt wurden. Davon abgesehen sind Partitionen mit diesem Umfang ohnehin nur in Ausnahmefällen sinnvoll.

In Windows-XP-Domänen regelt der Administrator den Zugriff auf Dateien und Ordner über Gruppenberechtigungen.