Trotz der genannten Vorteile hat NTFS bis Windows 2000 nicht alle Anforderungen an aktuelle Systeme erfüllt. Das mit Windows NT verbreitete NTFS limitiert die Zahl automatisch vergebener Partitionsbezeichnungen auf 26 Buchstaben (Laufwerke A bis Z). Zudem erfordern Änderungen in Partitionen stets einen Reboot. Hinzu kommt, dass NTFS Volume-Informationen in der Registry ablegt, was den Einsatz einer Festplatte in einem anderen System kompliziert gestaltet.

Windows 2000 löst das Problem mit dem Logical Disk Manager (LDM). Laufwerksbuchstaben sind damit nicht mehr notwendig. Zudem ist NTFS nun in der Lage, Festplatteninformationen auf der Disk selbst zu speichern, sodass der Plattentausch keine Probleme bereitet. Die Verbesserungen an NTFS in Windows XP gegenüber Windows 2000 sind eher geringfügig. So wurde beispielsweise der Datendurchsatz erhöht. Außerdem lassen sich nun statt fester Clustergrößen von 512 Byte variable Clustergrößen definieren. Auch die administrativen Funktionen - etwa zum Indizieren von Ordnern, zum Beschränken von Speicherkontingenten oder Datenzugriffen - wurden verfeinert.

Eingriffe in das NTFS-Dateisystem unter Windows XP gestattet das DOS-Tool fsutil.exe und gibt zudem statistische Werte aus.

Allerdings hat Microsoft mit dem Kommandozeilenbefehl fsutil.exe auch ein mächtiges Werkzeug hinzugefügt, das zahlreiche Dateisystem-Aufgaben erledigt. Microsoft hat das Tool kaum dokumentiert, weil sich von dort aus Eingriffe bis in die Master-File-Table (MFT) vornehmen lassen. Von Experimenten ist daher abzuraten. Allemal interessant - und komplett ungefährlich für das System - sind die Statistikinformationen zu Dateisystem, Volume und MFT, die der User in der Eingabeaufforderung über den Befehl fsutil fsinfo abruft.