Im Gegensatz zu FAT mit der separaten Dateizuordnungstabelle am Anfang eines Volumes, organisiert NTFS auch dessen Herzstück, die Master-File-Table (MFT), anhand von versteckten Dateien. Die MFT verwaltet alle Dateien eines Volumes und so genannte Metadaten in einer relationalen Datenbankstruktur. Informationen zu Dateien sind dabei in Zeilen, die Attribute (etwa versteckt, verschlüsselt, komprimiert, System) in Spalten angeordnet. Metadaten enthalten Informationen zur MFT selbst, dafür sind die ersten 16 Datensätze der MFT reserviert und nehmen 16 kByte ein.

Die unten stehende Tabelle zur Master-File-Table zeigt die ersten Datensätze. Im Anschluss folgen die MFT-Datensätze mit Informationen zur Position in der MFT, zum Dateinamen, zum Inhalt und zu nicht verwendetem Speicherplatz. Dateien mit einer Größe von bis zu 900 Bytes passen übrigens vollständig direkt in einen Datensatz. Ansonsten beherbergt die MFT an der jeweiligen Stelle Verweise auf die weiteren Speicherorte. Ähnliches gilt auch für Ordner. Sind diese klein, werden sie vollständig von der MFT erfasst. Größere Ordner verwaltet NTFS in einer so genannten B-Baum-Struktur, deren Datensätze auf externe Cluster verweisen. Vorteil der B-Baumstruktur: NTFS indiziert ähnliche Dateien beziehungsweise deren Namen und beschleunigt so die Suche nach bestimmten Files.